相對于船舶和港口而言，FBA頭程海運航道屬于公共品，因此FBA頭程海運航道的治理離不開政府的干預。FBA頭程海運航道淤塞的原因一方面是自然因素，水底淤泥長期積累所致；另一方面是億城達貨運人為因素，國民黨敗退前將部分船舶炸毀或鑿沉于江底所造成的。在上海港吳濃至龍華的83公里長的黃浦江里，就鑿沉了59艘江海輪船。僅外灘江面，就有4艘油輪傾倒在江里。
為迅速恢復航運，必須盡快打撈這些沉船。在國民政府時期，絕大多數海港沒有設立專職的FBA頭程海運航道維護機構，主要靠船民自帶沙耙，遇淺下水扒沙以維持通航，政府則沒有肩負起FBA頭程海運航道維護這項公共服務。1949年6月，上海市軍管會航運處成立了專門機構，集中有經驗的公私營打撈公司、廠商，聘請著名打撈專家，組成船舶打撈指導委員會，集中大批技術人員和打撈設備。億城達貨運在兩個月內，僅上海打撈隊就撈起大小沉船67艘，141657余噸。打撈沉船不僅清理了FBA頭程海運航道，還提供了運力。
除疏浚FBA頭程海運航道外，還進行助航設備的建設。在近代以來，沿海的航標、燈塔等助航設備長期受洋人控制的海關管轄，多年來處在廢弛落后的狀態，國民政府接管后亦沒有得到改善。例如天津曹妃甸燈塔于1944年被炸毀，此后數年未能修復，1949年11月，上海紐約太平洋水運公會天津分會及其代表隆祥洋行分別呈請天津航政局及海關早日修復燈塔，并稱：“否則船東將不欲派船駛來”。近代港航管理體系存在“多龍治水”的頑疾，政府管理的混亂和低效造成了FBA頭程海運航道和助航設備建設的緩慢。
這就從制度上首次改變了近代以來海關與交通部門共同管理港航業務的傳統，從此，億城達貨運交通部門全權管理，而海關部門退出，有利于港航業務的發展。中華人民共和國成立后的三年里，在沿海港口航線上共新建和恢復燈塔20處，燈樁、燈浮32處。自此以后，海運航行從依靠天然目標領航過渡到用人工航標領航，不僅滿足了海船白天航行，而且還為夜間航行創造了良好的條件。經過政府組織的大規模疏浚FBA頭程海運航道和助航設備建設之后，全國主要海港的通航能力大為提升，效果顯著。
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